Una de las líneas de investigación prioritaria de la historiografía artística más actual, tanto en el ámbito científico de habla hispana, como en el influyente mundo anglosajón, está centrada en el estudio de la cultura artística de los territorios americanos que vivieron bajo dominio de la monarquía hispánica, unas contribuciones que evidencian un arte plural, diverso y mudable a lo largo de los siglos virreinales.
Esta línea ha identificado y definido nuevos problemas y nuevas interpretaciones, surgidos del estudio de la obra de arte desde tendencias y enfoques historiográficos distintos, desde los propios de la historia del arte, como también de otras disciplinas, caso de la historia de la cultura visual, la antropología histórica e incluso del pensamiento decolonial. En este contexto general, una de las principales cuestiones que se plantean está centrada en la organización territorial de este espacio americano, acrecentado a medida que las huestes hispanas aprehendían tierras y las instituciones burocráticas se asentaban para el control y gobierno de las mismas, dando como resultado un nuevo paisaje cultural, expresión del permanente conflicto entre las culturas autóctonas y los grupos de españoles que marcharon a Indias. Un paisaje que es posible conocer por la documentación, dibujos y pinturas que nos han sido legados, siendo cruciales en este sentido las denominadas Relaciones Geográficas, dadas por la Real Cédula de Felipe II fechada en San Lorenzo de El Escorial el 25 de marzo de 1577, las cuales fueron un potente instrumento de conocimiento del territorio y de control político, al tiempo que la primera expresión de cómo la sociedad americana del momento se veía a sí misma.
Además, conservamos otro importante conjunto de imágenes de carácter paisajístico, topográfico y arquitectónico que se encuentran diseminadas por diversos organismos científicos y museísticos de Europa y América, tales como el Museo de América de Madrid, el Museo Nacional del Virreinato de México, el MUNAL (Museo Nacional de Arte, México), el Museo de Arte Religioso de Cuzco (Perú), el Museo Nacional de Arte de La Paz (Bolivia) o el MUNA (Museo Nacional de Ecuador), entre otras instituciones, las cuales albergan también colecciones de distintas tipologías artísticas, caso de obras escultóricas y de artes decorativas y suntuarias, que también son objeto de atención en nuestro proyecto. Así, mediante el estudio de fuentes documentales y de colecciones artísticas queremos definir una nueva interpretación científica del paisaje cultural de los pueblos de indios americanos, atendiendo no solo a su configuración territorial sino también a su arquitectura y a todos aquellos aspectos rituales y simbólicos definidos bajo la práctica de la religión cristiana.
Desde una perspectiva global e integradora planteamos el estudio de los pueblos de indios de la América virreinal, aplicando una metodología comparativa que permita definir la formulación del modelo o modelos de ocupación, su repercusión en la sacralización de los espacios cultuales, tanto naturales como construidos, unidos a su dotación mobiliar y, sobre todo, y es uno de los aspectos que más nos interesa, cómo estos pueblos mudaron con el devenir de los tiempos de la cultura barroca y contrarreformista, y cómo y en que dimensión se transformó la vida cotidiana de toda la población indígena, según su edad, sexo y condición social.