El oidor Diego Gómez de Mena resolvió la necesidad de construir un templo doctrinero en el pueblo de Zipacón tras efectuar su visita por estas tierras encomendadas en el menor Juan Clemente de Chávez. Para ello, ordenó embargar la mitad de las demoras de los naturales e iniciar el proceso de pregones donde definir las condiciones y traza con la que se debía erigir el edificio.
Una vez comenzado el proceso burocrático se presentaron algunas posturas, pero poco tiempo después el oidor y Gonzalo de Martos, en representación del encomendero, deciden concertar el templo directamente con un oficial y no por vía de pregones. El 9 de julio de 1601 se firma en Santa Fe el contrato de obras con el cantero Domingo Moreno, quien se compromete a levantar la iglesia con las siguientes condiciones:
La iglesia concertada con Domingo Moreno se alzaría en el lugar más conveniente y debía medir 40 varas de longitud, sin contar las 2 varas del soportal que debía conformarse en los pies del templo. La anchura general sería de 12 varas en las que se contarían 10 varas para el hueco interno de la nave y 2 para los gruesos de las paredes, conformándose cada muro con 1 vara de grosor. Los cimientos se abrirían de una vara y media de anchura y se profundizarían hasta encontrar el terreno portante, formados de piedra, cal y arena apisonada. La cimentación debía quedar a un pie por debajo de la superficie de la tierra desde donde se levantarían las paredes del edificio que ascenderían hasta alcanzar 6 varas de altura, excepto en el espacio de la capilla mayor que tendría una vara más de altura que el resto del edificio.
Junto a los cimientos se conformarían los estribos de una vara cuadrada. Estos contrafuertes se debían realizar de piedra, cal, ladrillo y arena, la cal y la arena se debían mezclar en proporción de dos partes de arena por una de cal. Los estribos debían ascender hasta quedar a tres cuartas de la altura general de las paredes, y presentar en un frente cierto desvío hacia la línea del muro.
La cabecera del templo estaría separado de la su única nave mediante la incorporación de un arco toral \\\"…Ytem, a de hazer en la capilla de la dicha yglesia un arco toral que tenga beinte pies de hueco y de hancho dos ladrillos, que se entiende de grueso, el arco con su peaña y gradas…\\\".
El conjunto de la cabecera comprendería el espacio de la capilla mayor y la construcción de una dependencia anexa que funcionaría como sacristía. La capilla mayor debía presentar su testero cuadrado y en su exterior se levantarían tres estribos. Uno ubicado en el centro del muro y los otros dos en las esquinas del edificio, acogidos en forma de ángulo. El su interior se debía conformar una grada de tres escalones que darían acceso al espacio del altar mayor delimitado en el interior de la capilla.
La sacristía debía realizarse en uno de los laterales del templo, aunque en el documento contractual no se especifica su ubicación exacta. Sus dimensiones generales quedarían fijadas en 16 pies cuadrados por su cara interna 3, a lo que se debía añadir el grosor de sus paredes. Las esquinas de la sacristía debían estar reforzadas con la incorporación de materiales constructivos más fuertes, sirviendo en este caso la incorporación de piedra, ladrillo y cal. El acceso se realizaría desde el espacio de la capilla mayor a través de una portada con una puerta de madera, y estaría iluminada internamente a través la incorporación de una ventana. En uno de los laterales del templo, junto a la fachada principal, se debía levantar una capilla bautismal de 14 pies cuadrados por su cara interior 5. En su interior se debía colocar una pila de piedra para contener el agua para bautizar protegida por una reja cuadrada de madera, y otra pila pequeña del mismo material para agua bendita. Además, en el grueso de la pared se debía abrir un espacio horadado que haría las veces de alacena para contener las crismeras con el santo óleo.
El tiempo concertado para construir el templo es de un año y medio que comenzaba a contarse a partir de la fecha de emisión del contrato de obras. Por su trabajo como maestro de obras debía cobrar 850 pesos de oro de veinte quilates y 12 fanegas de maíz. El dinero se libraría por tercios, debiendo proceder este dinero de las demoras de los naturales. La primera paga se efectuaría, como en todos los casos analizados, al comienzo para poner en marcha las obras; el segundo enrasada la obra y tras la emisión de un informe favorable por parte del cura doctrinero o del corregidor de los naturales, la última paga se libraría tras construir íntegramente el templo. Por sus fiadores presentará a Juan de Escobar, al carpintero Luis Márquez, a los canteros Domingo de Ovieta y Juan del Hoyo y al cantero Juan del Hoyo.