A fines del siglo XVI el oidor y visitador Egas de Guzmán, acompañado por el escribano Juan Gómez Garzón, realizó una visita a la iglesia de doctrina de la que se extrajo que el templo estaba construido de tapias con la armadura conformada y sólo a falta de algunas intervenciones puntuales para darla por concluida. Por otra parte, la capacidad del templo era suficiente para acoger a la totalidad de la población afincada en el pueblo, y se estimaba que en el futuro tampoco faltaría espacio en ella.
Así pues, faltaba por embarrizar el techo y cubrirlo de teja, encalar el templo, tanto por dentro como por fuera y abrir una puerta en la capilla mayor junto al altar que diera acceso a la sacristía que se debía levantar de tres tapias de altura. Esta dependencia debía ser lo suficientemente grande como para que el cura pudiera utilizarla para vestirse y desvestirse en los oficios y en la administración de los sacramentos.
Se le encarga al encomendero del pueblo, Sebastián de Velandia, que hiciera blanquear el templo en su cara interna y externa. Igualmente, se le encomienda la construcción de una sacristía de tres tapias de altura con su puerta, cerradura y llave, para que en el interior se pudiera vestir el cura y se pudieran guardar los ornamentos y bienes de la iglesia.
Al lado de la puerta principal de acceso al templo se debía levantar una capilla bautismal donde se asentaría la pila de agua. En su perímetro se debía abrir una alacena, a modo de hornacina conformada en el grueso de la pared, con su puerta donde se guardaran las crismeras. Igualmente, se debían adquirir los bienes y ornamentos de los que se careciera en la iglesia y que fuesen necesarios para los oficios y la administración de los sacramentos.
El plazo otorgado por Egas de Guzmán para ejecutar estos trabajos y cumplir con todos los términos del auto sería de 4 meses, coincidiendo con el establecido para la iglesia de Cuítiva. Se ordenaría al encomendero y al corregidor la retención de las demoras de los indios, y al cacique que facilitara que los demás indígenas pudieran ayudar con el servicio personal que fuese necesario hasta dar por concluido el templo, incluyendo el encarrizamiento y el encalado.
Con el cambio de siglo se efectuará una nueva visita al pueblo de Iza, esta vez practicada por el oidor de la Real Audiencia Luis Henríquez. El 7 de diciembre de 1601 3 el visitador entró en el templo doctrinero, acompañado por fray Antonio Melgarejo de la orden de San Francisco, para efectuar el inventario de los bienes y ornamentos que se encontraban en su interior y que pertenecieran a la iglesia.
El templo seguía presentando la misma estructura de finales de siglo estando cubierto por un techo de paja, por lo que el auto de Egas de Guzmán no tuvo efecto. De entre los objetos inventariados debemos destacar, además de los textiles y juegos de orfebrería, tres estatuas de bulto redondo con la representación de Santa Lucía, Nuestra Señora del Rosario y San Jacinto y una representación del Calvario.
Por otro lado, debemos mencionar la existencia de varios lienzos. Una imagen de Jesucristo acompañado por varias personas, un San Pedro pintado al óleo, un San Antonio de Padua, un San Juan, una imagen de Santa Catalina de más de vara y media de altura, un San Francisco, dos imágenes de Nuestra Señora del Rosario pequeñas, una imagen de Santiago, una imagen de Nuestra Señora y tres pinturas sobre papel con la representación de San Antonio, San Pedro y los Doce Apóstoles.
Hacia el año 1673 4 la iglesia del pueblo de Iza seguía presentando el tejado de paja y se encontraba en un estado avanzado de deterioro, por lo que, se ordenó que se embargasen las demoras de la encomendera para destinarlas a la construcción de un nuevo templo.
Poco después comienza a pregonarse las obras de la iglesia, sin embargo, al término de los mismos no hubo ninguna persona que efectuara postura para la construcción. El peligro de ruina era más que evidente, pero éste se agravó después de que se declarara en 1675 un incendio en el interior del edificio, lo que obligó a Juan Martínez de Estrada, cura de la orden de San Francisco, a decretar su demolición. Del edificio sólo quedó en pie una superficie de 3 varas de hueco donde se dispuso el altar mayor con el Santísimo Sacramento y la pila bautismal.
Los naturales del pueblo se afanaron entonces en intentar levantar un nuevo edificio para la iglesia y empezaron a trabajar en pro de su consecución. Se acordó con la encomendera que de las demoras se pagase la clavazón necesaria y los materiales que se debían emplear en el levantamiento del edificio y los indígenas, por su parte, trabajarían ofreciendo su mano de obra.
El 2 de agosto de 1676 el padre Juan Martínez de Estrada informó sobre la buena marcha de los trabajos. Tenían sacada desde la cepa toda la estructura de la capilla mayor y abiertos los cimientos del cuerpo de la iglesia. Además habían conseguido cocer y reunir 12.000 labores de tejas y otros tantos de ladrillos y tenían preparados otra cantidad similar a la espera de cocción.
El 15 de abril de 1795 11 el padre Manuel Esteban de la Vega informa de que la iglesia se encontraba vencida en muchas de sus partes a consecuencia de la dejadez del anterior párroco para frenar su deterioro. Casi todo el edificio amenazaba ruina, la capilla mayor por la parte trasera del tabernáculo presentaba dos aberturas en el muro y la pared de cierre de la portada principal tres, y todas ellas partían desde el cimiento y cruzaban toda su superficie.
El mismo problema se evidenciaba en la sacristía y en la Capilla de Jesús Nazareno. Por su parte, a la llegada del nuevo párroco, el tejado presentaba infinidad de goteras. Este cura fue informado por los vecinos de mayor edad de que el templo se encontraba en esta situación desde hacía mucho tiempo y que no se había reparado por el coste elevado de la intervención, contribuyéndose al deterioro de sus bienes.
La iglesia de Iza ha sido muy intervenida a lo largo de los años y su estructura general se ha transformado en numerosas ocasiones, lo que hace que sean casi imperceptibles los elementos originales del siglo XVII. El actual templo es un híbrido donde se mezclan elementos de diferentes épocas levantados en etapas constructivas distintas.
Su fachada está muy transformada y es fruto de una intervención posterior. En estructura repite el modelo de un templo clásico rematado por un enorme frontón que ocupa toda su extensión. La puerta principal es adintelada y sobre ella se dispone un gran óculo. Está flanqueada por pilastras de orden gigante de escaso desarrollo.
En su extremo izquierdo se levanta una torre que se compone de tres cuerpos separados por cornisas. El inferior presenta como único elemento decorativo una gran ventana adintelada. El cuerpo intermedio se divide a su vez en dos partes diferenciadas por una pequeña cornisa, donde se abre un pequeño óculo en el inferior y el cuerpo de campanas en el superior de mayor desarrollo. La torre se remata con un tambor octogonal donde se asienta el reloj, cubierto con una cúpula en cuyo centro se alza una cruz latina se escasa envergadura.
En el lateral opuesto se alza un muro ciego sobre el que se asienta una espadaña de tres ojos dispuestos en dos cuerpos. La cornisa superior es curva y sobre ella se asientan tres pináculos. Este cuerpo de campanas es una evidencia de una estructura anterior datada, presumiblemente, en el siglo XVII.
El interior es de nave única diferenciada por un arco toral y cubierta por una bóveda de medio cañón rebajado. La cabecera, de testero plano, está realizada de piedras sillares lo que puede ser fruto de una intervención posterior. Lo que más nos interesa del conjunto son las dos pilas de piedra que se asientan a los pies de la nave y que datan del siglo XVII. Estas pilas son muy sencillas y se componen únicamente de una taza dispuesta sobre una columna con escaso desarrollo del capitel. Una de ellas, además se asienta sobre una basa del mismo material.
Sobre ellas se encuentran dos cartelas que son de suma importancia. La del lado izquierdo reza lo siguiente: «HISO ESTA IGLESIA SIENDO CURA EL RP JV.º DE ZETINA JACINTHO PATIÑO. AÑO DE 1678». Por su parte la de la derecha señala «COSTEÓ ESA OBRA LA S.ª D.ª M.ª R. DE VELANDIA MANRIQUE ENCOMENDERA DE ESTE PUEBLO».