La iglesia doctrinera que se alzaba en el pueblo de Tocancipá se había quedado pequeña para dar cabida al grueso de la población que se debía agregar con los naturales afincados allí. Por esta razón, el oidor Luis Henríquez se concertó con Juan de Robles para que interviniera en el edificio y lo ampliara por la zona de la capilla mayor.
Con el paso del tiempo se decidió no intervenir en el edificio y en su lugar levantar un templo de nueva planta. La resolución se tomó tras comprobar que los cimientos de la iglesia no eran suficientes para soportar el peso de la ampliación, que las paredes no tenían el grosor necesario ni contaban con la incorporación de rafas que reforzaran la estructura. Por esta razón el 27 de diciembre de 1600 Luis Henríquez ordenó que se otorgara una nueva escritura con la traza y condiciones con las que se debía erigir el templo doctrinero.
La persona elegida para llevar a cabo su construcción será también Juan de Robles quien firmará el contrato el 28 de mayo de 1601 en la ciudad de Santa Fe. Este albañil se comprometerá a construir un edificio que «…llevase de largo çinquenta y quatro varas y doçe de ancho para çimientos y estrivos y hueco, en preçio de mil y doçientos pesos de oro de veinte quilates pagados por sus terçios de las demoras que pagan los dichos yndios a sus encomenderos en la forma en que se an hecho otras yglesias en el partido de la çiudad de Santa Fe, asi de alvañería como de carpintería, y aviendo en cumplimiento del dicho auto açeptado y firmándolo el dicho Joan de Robles para mas firmeza, el dicho señor oidor dixo está convenido y conçertado con el susodicho para que haga la dicha yglesia con la traza y forma siguiente en conformidad de su comisión e ystruçión de su visita que está mandado».
La obra debía entregarla en el plazo de un año y medio que comenzaba a contarse a partir del día uno de junio de ese mismo año de la contratación. Para su cumplimiento Juan de Robles se compromete a presentar las fianzas que fuesen necesarias para garantizar la construcción del templo a las autoridades. Estas fianzas llegarían el 29 de mayo siendo los otorgantes el armero mayor Juan de Escobar, el oficial albañil Hernando Arias y el cantero Jorge Moreno.
Debemos esperar hasta la finales del siglo XVII para encontrar de nuevo noticias sobre este templo doctrinero. En esta ocasión por falta de ornamentos y bienes materiales de los que debiera hacer uso el cura en los oficios. Pero además de solicitar la adquisición de la indumentaria litúrgica tan necesaria, se proponía que se hiciera en ella un «…coro para que los cantores acudan a ofiçiar las misas y demas cosas que se ofrezen, lo qual pide en la misma conformidad prompta aplicazión para conseguirlo y es ynexcusable uno y otro…». El dinero para costear la construcción del coro y adquirir los textiles debía proceder de las demoras de los indios, que tendría que retener el corregidor del partido.
La fachada de la iglesia de Tocancipá es, probablemente, fruto de una remodelación del siglo XIX. Consta de dos cuerpos y remate trilobulado de grandes dimensiones, en éste los arcos son rebajados descansando, los más extremos, sobre pequeñas pilastras.
En el cuerpo inferior su única puerta de ingreso es adintelada y carece completamente de decoración. En cada uno de sus laterales se muestra una pilastra con media columna adosada.
En el cuerpo superior se abre una ventana rectangular en cuyo dintel se puede leer el texto «VIVA PIO IX 1874», este dintel apoya en dos pilastras. En cada lateral otras dos pilastras completan la ornamentación de la fachada, éstas arrancan del punto medio de las pilastras inferiores. Completa el conjunto la torre, levantada a la derecha de la fachada.