El 20 de noviembre de 1602 se concierta entre María Maldonado y el maestro de albañilería Juan de Robles la construcción de esta iglesia. En el contrato se especifica la ubicación exacta donde debía erigirse, siendo éste el solar del cura doctrinero (en la plaza principal del pueblo), a la izquierda de la antigua iglesia que aún se conservaba, y que probablemente fuese de bahareque, cubierta de paja. La nueva iglesia debía medir de largo, por su cara interna, 56 varas, de ancho 12 (contando el grosor de las paredes) y de altura 6 varas. Los cimientos debían excavarse hasta encontrar el terreno portante con una anchura de vara y media, sacadas de piedra apisonada hasta un pie más debajo de la superficie de la tierra. A partir de aquí se levantarían las paredes de mampostería con un grosor de una vara. La cabecera del templo quedaría separada espacialmente de su única nave mediante la colocación de un arco toral. La capilla mayor sería de testero recto y en uno de sus lados se levantaría una sacristía de 16 pies cuadrados, a la que se accedería a través de una portada de ladrillo y piedra con sus puertas de madera. Esta dependencia estaría iluminada y aireada por una única ventana y estructuralmente estaría reforzadas las esquinas con la incorporación de ladrillo y piedra a la mampostería. En el interior de la capilla mayor se ubicaría el altar mayor sobre tres gradas de ladrillo, además de otros dos altares colaterales sobre sus respectivas escaleras, aunque en este caso no se especifica el número de escalones. A los pies del templo se añadiría el soportal de dos varas de longitud y del ancho de la iglesia. Este espacio tan necesario en las iglesias de doctrina quedaba delimitado por el alargamiento de los muros exteriores de la nave y del cerramiento superior, siendo el elemento más visible de la fachada, a la que se suma la espadaña de tres ojos.
El cuerpo de la iglesia contaría con dos accesos, uno lateral y otro principal que sería el realizado a los pies del templo. La portada del costado sería de ladrillo y estaría cobijada bajo un alero del mismo material que la protegería de las inclemencias del tiempo. En cambio, la principal estaría retranqueada sirviéndole de protección la estructura del soportal. Este acceso se debía realizar en ladrillo y piedra y se remataría con un arco de medio punto. Completaría el conjunto la construcción de una espadaña que se realizaría sobre el muro de cierre, formando parte de la fachada. Este cuerpo de campanas debía conformarse de mampostería en un nivel superior a la línea del tejado, y se remataría con una cornisa. El conjunto interior del templo se completaría con la colocación de una armadura de par y nudillo, empleándose en su estructura vigas toscas, es decir, sin labrar. Los tirantes de refuerzo de la estructura lignaria irían pareadas a una distancia de diez pies unos de otros para garantizar su estabilidad. Tanto los tirantes como los canes ubicados bajo ellos estarían labrados contribuyendo al ornato del edificio. Toda la estructura se cubriría con un tejado dispuesto a dos aguas. Once estribos reforzarían la estructura del edificio. Estos contrafuertes se formarían desde la zanja del cimiento y ascenderían hasta quedar tres cuartas por debajo de la altura general de las paredes, siendo su grosor de una vara cuadrada. Los materiales empleados para la formación de estos estribos serían ladrillo, piedra y cal. Uno de estos contrafuertes se situaría en el medio del muro testero de la cabecera y otros dos en sus esquinas. No sabemos la ubicación exacta de los ocho estribos restantes, pero presumiblemente se dispondrían en los lugares de mayor transmisión de empujes o de mayor carga. En este sentido, dos se ubicarían en línea con el arco toral y otros dos soportando la fachada en ángulo con el soportal. Los cuatro últimos se repartirían de manera equidistante por el cuerpo de la iglesia.
En el contrato no se hace ninguna mención expresa a la existencia de una dependencia aneja que sirviera de capilla bautismal, por lo que, probablemente, esta capilla se acotaría en el espacio de la nave, delimitándose mediante la colocación de una reja de madera. La realización de esta reja y la obligación de colocar dentro de ella una pila bautismal queda patente en la condición número 9 del contrato de obras. En el apartado número 8 del contrato se evidencia la existencia de una ramada y de un horno en el pueblo de Chocontá que ya se habían utilizado para cocer y guardar ladrillos y tejas. Estas dos construcciones se le ceden a Juan de Robles para que las utilice en los años que durara la edificación, al igual que la utilización de los materiales que, al parecer, ya estaban cocidos. Juan de Robles se compromete a entregar la obra en el plazo de dos años, que empezaría a contarse a partir de la fecha de emisión del contrato, que recordemos se firmó el 20 de noviembre en la ciudad de Santa Fe del Nuevo Reino de Granada. El montante del presupuesto destinado a esta obra, incluyendo el suelo del oficial y maestro de albañilería, se fija en 1.100 pesos de oro de veinte quilates pagados por el sistema de tercios, como venía siendo lo habitual.
El compromiso adquirido entre María Maldonado y Juan de Robles establecía que en caso de incumplimiento de la totalidad o de algunos de los puntos del contrato, los problemas derivados serían asumidos por ellos, así como los costes que se pudieran emanar. En este sentido, se especifica que si la encomendera no le facilitara la paga en los plazos establecidos, el dinero destinado a cubrir los gastos de la edificación se podría cobrar de sus bienes y hacienda. En un caso extremo incluso se podría llegar a ordenar la venta de algunas de sus posesiones para cubrir el importe de la construcción del templo. Esto demuestra la importancia que la Real Audiencia daba a la construcción de estos edificios, convirtiéndose en el elemento de preferencia y de mayor prestancia en la configuración de los pueblos de indios. De hecho, todas las medidas adoptadas en el contrato están encaminadas a garantizar su materialización, como se demuestra al dejar constancia de la posibilidad de emprender acciones judiciales contra los causantes de los retrasos o paralización de las obras.
Ocho décadas más tarde fray Alonso de Acosta y Padilla, cura doctrinero de la Orden de Predicadores, afincado en el pueblo de Chocontá, denuncia el estado de deterioro en que se encontraba la iglesia donde impartía doctrina. En sus informes realiza un llamamiento al corregidor del partido de Guatavita, Salvador Guillén de la Cruz, para que visitara el pueblo de Chocontá que se inscribía dentro de este partido, e intentara dar solución a sus problemas estructurales. El 26 de septiembre de 1688 se emite el informe con las conclusiones de la visita, que tendría lugar en los días previos. En esta ocasión Salvador Guillén de la Cruz acudiría a la iglesia en compañía del maeso albañil Francisco de Murcia y del maeso carpintero Ignacio de la Puente. Ambos oficiales realizarían el estudio y tasación de las obras de consolidación del templo en presencia de dos testigos que, igualmente, firmarían el documento para dar veracidad al contenido del informe. Estos testigos serían Antonio Cabral de Melo y Gregorio de Maya. De esta manera, ambos oficiales afirman que:
“… aviéndolo visto con espasio así por dentro como por el techo y cavallete, dijieron (sic) estava con reconosido peligro de caerse toda ella por lo alto por estar todas las maderas podridas con la continuación de las aguas que les han dado, por estar las más tejas quebradas y que en partes se ban sumiendo como se reconose y que corre prisa el reparo, porque de entrar un ynbierno largo es sierto corre toda dicha ygleçia y era mucho el costo de reedificarla…”.
El presupuesto final de la intervención en la iglesia se fija en 600 patacones debido a que, al parecer, la iglesia era de grandes dimensiones. Así, de tratarse de la iglesia de doctrina contratada en 1602 a Juan de Robles 17, el largo sería de 56 varas sin contar el grosor del muro de fachada y del soportal exterior. Las obras de intervención consistirían en desmontar todo el tejado y cubierta de madera y rehacerlos completamente de nuevo y derribar un tramo o segmento de pared cercano al baptisterio y que corría peligro de caerse y reedificarlo de rafa de piedra y cal para darle mayor consistencia y firmeza.
A partir de este momento la Real Audiencia comienza la tramitación para dar inicio a los pregones que se debían anunciar en las plazas públicas con las condiciones del reparo. No podemos precisar cuándo comenzaron los pregones, ni cuántos fueron necesarios hasta encontrar buenos postores, sin embargo, el proceso seguiría su curso normal porque el 18 de febrero de 1689 se haría efectivo la fianza que seguiría al remate de las obras. De la fianza otorgada por Francisco de Malo se extrae información muy importante sobre el remate. Así, podemos afirmar que Felipe Maldonado sería el encargado de acometer las mejoras estructurales en la iglesia de Chocontá percibiendo por ellas la cantidad de 500 pesos, por lo que se efectuaría una baja de 100 pesos del presupuesto emitido por Francisco de Murcia e Ignacio de la Puente. Pero, para efectuar el pago, se establece como condición la emisión de un informe favorable del cura doctrinero del pueblo o del encomendero, de las obras realizadas y su acabado.
Unos días más tarde, el encomendero eleva una petición a la Real Audiencia solicitando que la mitad del importe de la intervención estructural de la iglesia fuese costeada por Su Majestad. Los argumentos que describe en su petición se centran en el contenido de algunos autos que no cita. En ellos, se fijaba que por parte de la Corona se debía cubrir parte de los gastos de las obras de los templos de doctrina en los pueblos de indios, así como de las reparaciones, intervenciones o construcciones que por deterioro se precisaran. El capitán y sargento mayor don Fernando de Olmos, encomendero del pueblo de Chocontá, sostenía que eran muchas las cargas que se derivaban de tener una encomienda, y que si, además, tenía que costear los 500 pesos de la reparación íntegramente, estas cargas se incrementarían notablemente. Es por este motivo por el que solicita la confirmación de la Real Audiencia del Nuevo Reino sobre las decisiones que adoptaran sobre este asunto. La resolución del fiscal se emite el 12 de mayo de 1689, negando la ayuda al encomendero de manera tajante, por tratarse de un pueblo encomendado.
En 1755 Domingo José Nuñez Orbogoso y Echevarría, corregidor y juez ordinario del partido, ordenó al maestro de albañil José Antonio Suárez que acudiera al pueblo de Chocontá a visitar su iglesia. Según se emana de las informaciones el templo se encontraba en un grave estado de deterioro y era preciso repararlo y consolidarlo para garantizar su permanencia. El reconocimiento y tasación se efectuará el 1 de julio de ese mismo año ante la presencia de los testigos Joaquín Chávez y José Antonio Romero. José Antonio Suárez confirma el estado de ruina de la iglesia y fija los gastos de reparación en 12.000 pesos, incluyendo en esta suma los trabajos de albañilería y los de carpintería, así como también, el dinero destinado a la mano de obra y la compra de materiales y herramientas. Hacia 1762 25 el corregidor José María Campuzano y Lanz ponía en evidencia que la iglesia del pueblo de Chocontá seguía sin ser intervenida. La preocupación se hace más que papable al dejar constancia de que uno de los tramos del templo estaba a punto de caerse y que toda la sacristía amenazaba con derrumbarse en un breve espacio de tiempo.