El convento de San Pedro Etla, ubicado en la región zapoteca, es un claro ejemplo de arquitectura de la evangelización levantada por los dominicos en las vicarías. Estas eran conventos rurales que tendían a ser autosuficientes y contaban con pocos religiosos, entre dos y seis; los cuales asistían a los naturales de su localidad y de los pueblos comarcanos, estos últimos denominados como visitas. Su actividad se centraba en la evangelización, en la cura de almas y en los trabajos de aculturación, tratando de introducir en las poblaciones indígenas los esquemas, planteamientos y formas de vida de los españoles. La primera construcción de esta zona data de la década de 1530 (Gerhard, 1986, pág. 91) y,
según narra fray Francisco de Burgoa en su crónica Geográfica descripción, se levantó en la población cercana de la Natividad: “... la primera que edificaron fue abajo como quinientos pasos de donde está hoy, y en lo más fértil del pueblo, que se llama Natividad, donde llegan los riegos, y humedades de lo que se vierte; la casa era pequeña y mal labrada porque fue de las primeras donde entraron los religiosos”.
En la reunión capitular de la orden del año 1550 fue aceptado el convento de Etla como casa fija dominica. En este momento debió plantearse la construcción de un recinto de carácter permanente acorde con el nuevo rango que adquiría el asentamiento. Sin embargo, no es hasta el año 1570 cuando aparecen las primeras noticias sobre la edificación de un nuevo convento en la localidad, al ser librados por el virrey don Martín Enriquez 600 pesos de oro común a repartir en dos años para la fábrica del nuevo edificio . Según dicho documento, la construcción se plantea porque el primer edificio de adobes y paja había sufrido graves daños tras un reciente temblor. Como primer paso para su realización fue enviada al virrey una traza que resultó no ser moderada, es decir, se había presentado un proyecto de grandes dimensiones y suntuosidad, en relación con los medios económicos y humanos disponibles por la población. Por esta razón, tras haber sido examinada, la traza fue modificada por Claudio de Arciniega, maestro mayor de las obras de cantería de la Nueva España, estableciendo una serie de variaciones encaminadas a racionalizar los recursos disponibles. Mientras se iniciaba este nuevo convento, se mantenía en uso el anterior, cuya provisionalidad fue motivo de un desagradable accidente. El hecho ocurrió siendo vicario fray Alonso de la Anunciación, por lo que se sitúa en el año 1575, y fue el derrumbe de una de las construcciones durante la celebración de la procesión del Corpus, que acabó con la vida de este fraile. Este desafortunado suceso fue el que, según Burgoa, originó el abandono de la primitiva iglesia y la construcción del nuevo recinto “en lo más firme y macizo sobre canteras espaciosas de piedra” (Tomo 2, pág. 5). El 12 de marzo de 1580 los naturales de Etla vuelven a solicitar al virrey que les sea concedida ayuda para alzar y reparar su iglesia, pues ésta se les había caído . En 1586, se construía el convento y el acueducto que llevaba a la población el agua desde las tierras de Guelache, en las montañas del oriente (Gómez Serafín, 2019, p.47). Pocos años después, concretamente hacia 1595, la armadura de madera de la cubierta del templo estaba todavía en construcción siendo el carpintero español Sebastián García, junto con un grupo de indígenas, los encargados de su ejecución (Kubler, 1982, pág. 155).
En la última fase del convento se levantaron el resto de dependencias monásticas. El claustro se edificó bajo el prior fray José Calderón, es decir, entre 1612 y 1619, mientras que el resto del recinto se concluyó bajo el priorato de fray Alonso de Espinosa hacia 1636.
En la actualidad todo el convento se encuentra muy transformado, si bien conserva parte de la configuración arquitectónica del Quinientos. Su atrio es de planta rectangular, delimitado por una barda de mampostería y arcada de acceso en el eje longitudinal de la fachada de la iglesia. En las esquinas del atrio, no se conservan restos de la existencia de capillas posas. Sin embargo, sabemos de su existencia por la descripción que realiza Francisco de Burgoa: “... el patio de la iglesia está muy bien cercado y almenado, tiene cuatro capillas muy capaces de tixera en los ángulos para las procesiones (Tomo 2, pág. 4). La iglesia conventual también está sumamente reconstruida. Es de una sola nave con cuatro tramos y presbiterio de planta rectangular, el cual se abre por un arco triunfal de medio punto que descansa sobre pilares. Su cubierta original de madera se perdió y desde el año 1961 se encuentra techada de concreto.
La portería se localiza en el costado derecho de la fachada de la iglesia. Se organiza por una arcada de cuatro vanos de medio punto sobre columnas. En el convento, de pequeñas dimensiones, destaca el claustro doblado, cuyos soportes octogonales son similares a los de Yanhuitlán y Cuilapan. En uno de los pilares aparece la siguiente inscripción: “(ilegible) se acabo este año de 1673”. El claustro se completaba con un rico programa de pintura mural del cual se conservan algunos fragmentos.