La primera construcción dedicada a la evangelización de los naturales fue muy posiblemente una capilla abierta de planta rectangular, situada, según excavaciones realizadas en el recinto, junto al muro de la fachada sur del claustro (Gamboa y Vélez 2011, pág. 39), un espacio que cayó en desuso cuando se construyó todo el complejo, el cual incluía una nueva capilla abierta, está vez ubicada junto a la portería del convento. Tiene atrio de planta rectangular con planta en L. Dicho atrio está limitado por una barda de mampostería con almenas ornamentadas con orejeras de tipo prehispánico. Posee dos entradas, una al norte y otra al sur de la barda, que son sencillos arcos de medio punto en los que se combinan los sillares de piedra en el arco, basa y capitel con fustes de ladrillo. La capilla abierta es de planta rectangular cubierta por una bóveda de medio cañón. Se abre al espacio del atrio por un arco carpanel que apoya en semicolumnas adosadas al muro y una sucesión de capiteles decorados con hojas de acanto, volutas y rosetas, las cuales también aparecen sobre la rosca del arco. Todo el frente está enmarcado por una por moldura a manera de alfiz.
Se conserva, íntegramente, una de las cuatro capillas posas. Es de planta rectangular, cubierta con bóveda de cañón y abierta al atrio con arco de medio punto con rosca ornamentada de motivos florales. Una segunda posa, la ubicada en el águlo sureste del patio ha sido modificada añadiéndoles varios tramos más, pasando a denominarse Capilla de María Auxiliadora (AA.VV. 1940, vol. II, pág. 275).
La iglesia es de planta rectangular, con la portada de los pies a poniente y la lateral al norte, esta última con arco carpanel ornamentado con doble fila de casetones, decoración que se repite en la portada principal, si bien en este caso posee arco de medio punto. En esta última aparece, además, el escudo de la orden franciscana. Torre cuadrangular a la derecha de la fachada principal. La iglesia tiene el coro a los pies con envigado de madera y tres tramos que se cubren con bóvedas de cañón con lunetos. Un arco de triunfo da paso a un presbiterio de dimensiones menores que la nave, presentando una ornamentación diferente y un tanto desproporcionada, presentando bajo la bóveda una gran concha sobre entablamento semicircular y haces de columnas. Estas peculiaridades del presbiterio nos hablan de una fase de construcción diferente a la de la nave.
El claustro es doblado. El piso inferior tiene arcos escarzanos sobre columnas de capiteles que evocan el orden jónico. Por su parte el segundo piso también se organiza con arcos escazanos que descansan sobre capiteles tendentes al orden toscano. El conjunto conserva restos de pintura mural en los que se representan a personajes de la orden de San Francisco.